IGVがVCFフォーマットに対応！

うちのベランダでは、今年流行りの緑のカーテンを、ゴーヤとアサガオでやっています。
アサガオは去年の分子生物学会で、九州大学の方から分けてもらったいろんな原種を種から育てました。　白のアサガオがきれいです。

緑のカーテンはそれなりにいいんですが、うちのすぐ前には適当に木が生い茂る公園があるんですね。
そこから飛んできたセミが、うちの緑のカーテンに止まって、夜な夜な鳴き続けるんです。
深夜2時くらいまで鳴いています。
静寂をくれ～！

さて、IGV (Integrative Genomics Viewer http://www.broadinstitute.org/igv/ )のサイトを久しぶりに見てみたら、バージョンアップしていました。
Version2のベータだったのが、いつの間にかVersion2.0.4に！
こまめにチェックしなくてはいけませんね。

追加機能として個人的に良かったのは、VCF4フォーマットが取り込めること。
これでNGSデータからSamtoolsなどで検出してきた複数サンプルのSNPデータを、そのまま並べて表示できます。
ちゃんとソートしてから作ったVCFフォーマットを用意し、IGV toolsで、インデックスを付けるのを忘れずに。

こんな感じ。