2019年1月21日月曜日

10xのLINE@を作ってみた

今更ながら10xのLINEアカウントを作ってみました!
ショートリードの憂鬱、とはちょっと違うかなとは思いましたが、10xのデータもショートリードなので一応、興味がある人がいるかと思い。


Twitter、Facebook、ブログはオープン、一方LINEはクローズド、という特徴があるのでその辺は使い分けていきたいと思います。あと、LINEはあまり長いセンテンスは読まれませんから、基本はブログやWebsiteへのハイパーリンクになるのかな。

私もLINE@は初めてなので、超ど素人的投稿があるかもしれませんが、そこはせめて半年はお付き合いくださいませ。あまりメッセージが頻繁に来ても「ウザっ!」ってブロックされてしまうでしょうからその辺はいい感じのタイミングで配信していくつもりです!

LINEをやっていて、シングルセルとLinked Readに興味のある人は誰でも友達登録できますのでぜひどうぞ。

友だち追加

さて、どうやってこれを宣伝していくか。。。 まずは3つのブログに載せて、FBとTWに載せて、そのあとは・・・

2019年1月20日日曜日

マーケティングの仕事とは

今日はビジネス的な話をします。こっちの方はほんと久々なのにごめんなさい。
本題は次の投稿になりますのでちょっとご辛抱を

私の今のポジションは、10x GenomicsのNorth APAC(日本、韓国、台湾)のマーケティングです。みなさん、マーケティングってどんな仕事だと思いますか?

学会や展示会への出展、ワークショップやランチョン、ユーザーミーティングなどのアレンジ、フライヤーやカタログ、カレンダーやTシャツなどのデザイン、、、 皆さんに見えるマーケの仕事はこういうものだと思います。
(確かに、展示会のブースに立っているのは大抵マーケの人ですよね)

でもこれはマーケの仕事のほんの一部です。
大事なのは新しいマーケットを作ること。今はまだお客さんでない分野の人に興味を持ってもらい、自社の製品を良く知ってもらうこと。

日本では「セールス・マーケティング」というように営業と一緒にされる場合もあるんですが本当は違うんです。マーケが集めたたくさんの見込み客から、実際に購入確度が高い見込み客にアプローチしてクローズ(販売完了)まで持っていくのは営業の仕事。

とまあ、こう書くと「うちには営業が来たから、購入する可能性が高いと思われているのか?」と身構えてしまうかもしれませんね。でもこれ一般論ですから。製品によっては営業とマーケが一緒に動くこともありますし、営業マンによってはいろんな人と話すのが好きなスタイルもいます。特にこの業界(バイオ・NGS)はキャラの濃い人が多いから(笑)!


2018年7月30日月曜日

10X Genomicsラブのブログ開始(ちょっと更新)

PacBioのブログの姉妹版、くろみうんの冒険を始めました。
ゲノムとシングルセル解析のグローバルリーダー、10X Genomics をもっともっと知ってもらうために、頑張って続けていこうと思います。
くろみうんというのは、10xの装置、Chromiumをカッコ良く発音するとそう聞こえるからです。

あー、7年ぶりにショートリードの世界に戻ってきました。
こっちは憂鬱、なんていうタイトルをつけてしまいましたが、10Xの方は憂鬱にならないように、明るいタイトルにしました。

みなさんどうぞ宜しくお願いしまっす!
あ、そうだ、10xではアプリケーションのテクニカルサポートを募集中(2018年8月現在)です。
結構やりがいがあると思います。自由度高いです。英語できる人歓迎します。オフィスに通う必要ありません。ストックオプションもらえます。出張多いです。そんな働き方が好きな方はぜひお知らせ下さい! 詳細はこちら



2018年2月12日月曜日

クリニカルシークエンスの知識シェアリングは日本で流行るか? SOPHiA Genetics

皆さん、SOPHiA GENETICSという会社、ご存じですか?
スイスに本社があり、ヨーロッパとアメリカ大陸を中心に、55か国にビジネスを拡大したクリニカルシークエンスのベンチャー企業です。

ITのスペシャリストを集めて始めたこの会社は、最初は他の多くの解析ベンチャーと同じく、NGSのデータをマッピング⇒SNPコーリング⇒変異解析、そしてアノテーションという解析パイプラインをクラウド上で行うシステムを作っていました。

この会社がわずか3年で400の病院にシステムを導入し、クラウド上で登録している患者さんのサンプル数は約17万人分に達した理由は、他の企業にはあり得ない、データシェアリングというアイデアをシークエンス解析に応用していること!

なんと‼ データシェアリング⁉ を、クリニカルシークエンスに応用⁉

データシェアリングといっても配列ファイルをシェアするわけではありません。
このクラウド上の解析パイプラインは、SOPHiA DDM (Data Driven Medicine)と呼ばれます。

ユーザはFastqファイルをSOPHiA DDMクラウドにアップします。
するとアライメント、SNVs検出、変異解析は自動で行われます。

変異解析に必要なのは、見つけた変異に疾患関連性があるか無いか?ですよね。 pathogenic, begin, unknown significance とか、聞いたことがあるひともいると思います。
この疾患関連性のアノテーションは普通、健常人でも見られるSNVsをフィルタリングした後、世界中の「変異と疾患の関連性」データベースに照らし合わせて行われます。
一般的なのは、ClinVarなど信頼ある公共データベースをもとに、既知のPathogenicisty情報をアノテーションする方法。

今までの考え方では、他のユーザがアノテーションしたSNVs情報は、そのユーザまたは共同研究機関の内部だけでシェアされるのが普通でした。
ところがSOPHiA DDMの中では、全世界のほかのユーザがアノテーションし、判断したPathogenicistyの情報をシェアできるのです!

ACCESS TO CLINICAL GENOMICS COMMUNITY
SOPHiA GENETICS has built the World's Largest Clinical Genomics Community with hundreds of institutions worldwide participating in the democratization of Data-Driven medicine. Through SOPHiA DDM, thousands of experts can easily interpret the variants and flag them with the appropriate level of pathogenicity. This highly valuable information feeds the variant knowledge base and is anonymously and safely shared among the members of the community.

もちろん、ユーザがアップロードしたサンプルの配列情報や、患者情報、疾患情報はシャアされません。
シェアされるのは、「遺伝子Aの変異Vが、疾患などのフェノタイプDと関連する」というアノテーション情報のみ。
この情報と数多くの公共DB情報、さらに日々追加される膨大なNGSデータ、これらを今はやりのAIで解析し最高精度のアノテーションを行うのが、SOPHiA DDMです。

そうなってくるとデータのセキュリティが心配になりますよね。
でもそこは心配ご無用! 世界で最も厳しい、EUの一般データ保護規則(GDPR: General Data Protection Regulation)に準拠しているそうです。
さらにISO 13485(医療機器・体外診断用医薬品)、ISO/IEC 27001(情報セキュリティ)も取得済み。

このビジネスモデルは、ヨーロッパやアメリカではかなり受け入れられており、今イケイケの成長企業です。
ビジネスの範囲もデータ解析だけでなく、上流の疾患遺伝子パネルの開発や、トレーニングの実施、顧客ラボのISO取得コンサルティングなど多岐にわたっています。
ちなみに2017年の50 SMARTEST COMPANIESで見事30位になっていますよ!
(テスラモーターが31位、オックスフォードナノポアが32位、マイクロソフトが27位)

クラウドでのクリニカルNGSデータ解析ということと、変異解釈のデータシェアリングというアイデアが、日本ですぐに受け入れられるかどうかはわかりません。
ですが世界では確実に主流になっていくような気がしました。私の勘ですが。

2017年11月4日土曜日

DRAGEN 名実共に世界最速のNGSサーバに! ギネスブックに載ったぜい!

今気付いたんですが、このブログの前回の記事が昨年のASHGだったんですね。
それもEdicogeonme社、DRAGENの話。
偶然ですが今回の記事もASHG、それもDRAGENの話!


ついに、ギネスブックに載ったぜ!

このニュースはすごいと思いません?
真ん中にいるジャケット来たかたがギネスのおっさんです。

どういうことでギネスに載ったのか、というと、1000人分のヒトゲノムを最高スピードで解析するシステム、ということらしいです。
私もちゃっかり記念撮影

Edicoの夜のパーティにはたくさんひとが集まり、盛り上がりました。
昨年はバンクーバーで、今年はオーランド。
バンドの生演奏やもちろんタダ飯&タダビール。もちろんプレゼンもこんな感じに、真面目にやってました。


さて、Edicogenome社のホームページに行ったかたは気づいたかも知れませんが、Dragenがクラウドサービスを始めました。
具体的にはDNA Nexusのパイプラインを使っていて、DNA NexusはAWSを使っている、というわけですが、現在はアメリカだけのサービスです。
残念ながら、AWSとの大人の事情で、日本ではクラウドサービスの予定は未定なんです。

というわけで日本ではハードウェアがありますのでどうぞ宜しくお願いします!

このギネスの話を拡散したら、問い合わせがあちこちから来ました。
日本のクリニカルシークエンスにも、Dragenサーバが使われる日も近い、かな。


2016年10月21日金曜日

アメリカ人類遺伝学会 ASHG Edicogenomeの日

2016年10月19日、バンクーバーにて

今日はEdicogenomeの日。というのは私が勝手につけたのですが、朝7時からのモーニングセッションに始まり、昼間は展示会場のブース、夜7時からのパーティーに至るまで、Edico社にかかりっきりな1日だったので。

Edico社といえば、あの、超高速NGS解析サーバ・Dragenを売っている会社。
何といっても、FPGA、集積回路に直接「マッピング→変異解析パイプライン」を書き込んでいるから、文字通り超高速で解析ができる。

モーニングセッションでは、Hudson AlphaやBaylerなどから一線の研究者が集まり、Precision Medicineに超高速NGS解析はどう貢献するか、というテーマでディスカッションされました。

パネルディスカッションの様子
朝7時ですよ。
こんな早いモーニングセッションは初めて

個人的には、Dragenサーバは、クリニカルシークエンス時代の解析プラットフォームの標準となる、可能性は高いと思います。
FDAの認証を受ける働きをしている各研究機関では、解析パイプラインの中に、Dragenサーバを組み込んでいました。(Edico社主催のセミナーだからリップサービスはあると思いますが、客観的な立場でもDragenを褒めていました)
Edico社も当然、Precision Medicine時代にDragenサーバが採用されるべく、着々と準備を重ねているようです。

演者のひとり、Ray氏が言っていた、「Focus on science, Not infrastructure 」というのが印象的でした。
Dragenは一種のインフラです。解析インフラです。
大掛かりなクラスターサーバをそろえて、メンテナンスすることに巨額な予算を振り分けるより、その分をサイエンスに与えるべきだ。という主張です。
医者や研究者が多いこの学会では「受ける」言葉ですね。

あえて付け足すとすれば、現代のゲノミクスはテラバイト、ペタバイトの規模。
でもエクサバイトの時代がすぐそこまできていることを想定すると、DragenがあってもITエンジニアは必要で、それなりに予算を振り分ける必要はあると思いますけどね。

Dragenサーバは、たった1つのブレードなので、単純な作りです。
ハードなのでいつか壊れますが、その時は部品を交換するだけ。
既存のGATKパイプラインの結果に合わせたければ、そのようにチューニングできます。
Edico社の経験豊富なエンジニアに頼んで、いくらでもカスタマイズできます。
実際、Hudson Alphaでは、自分たちに使いやすいようににカスタマイズしているそうです。

そうやって精度を合わせれば、あとはスピードの勝負。
30xのヒト全ゲノム解析が20分、Exomeが1分、で完了という世界です。

夜のパーティでは、場所を旧Bank of Canadaの建物に移し、クラウドサービスの発表がありました。
壁に映してのプレゼン
Edico社のCEO
まだクラウドサービスの開始時期は未定ですが、IBM社と組んでいますので、本気です。

GUIもまもなく出来上がります。これは結構使いやすくなる感じ

名前にちなんだ、Dragon Breathという、スペシャルカクテルがこちら
ドライアイス入りの強めカクテル
長い1日でした・・・。



2016年7月11日月曜日

2016年7月、NGSマシンの比較


私がお勧めするNGS関係のブログに、今年2016年7月版の、NGS比較が載っていました。
全文はこちら

おそらく皆さんも、いろんなNGS関係のスライドでこのようなグラフを見たことがあるでしょう。
横軸がリード長、縦軸がランあたりデータスループットのグラフです。
私も個人で作ったことがあります。

さて、このブログでは、PacBioのSequelについて抜けています。


その通り、Sequelについてのデータはまだ「公開」されていません。
データはあります。
2kbラムダ、6kb、10kb、15kbライブラリの大腸菌、
データはあります。
お見せすることは全くかまわないのですが、ウェブにアップはまだ許されていないので、残念ながらオフィシャルに公開できないのです。
何事にも順序があるのでしょうね

PacBio社の予定では、まもなくSequelのデータが「公開」されます。
それは大腸菌のデータになると思います。
シークエンス配列なのに、BAMファイルです。

ま、お楽しみに。