Ion Torrent データセット(2) クオリティチェック

先日、Ion Torrent PGM のデータセットが、Ion Torrent 社のホームページまたはBGIのFTPからダウンロードして誰でも使えるということを紹介しました。　Ion Torrent データセット
そのデータとは、E.coli O104-H4 の de novo sequence です。　
このことを書いた後、ある方と、クオリティの話をしました。


ということで、本日はクオリティチェックの結果を書きます。
使ったファイルは、Ion Torrent 社のサイトから取得した、LB226692株のfastq ファイルの、64.fastq ファイルです。　本当は64.fastq - 71.fastq まで、8ファイル全部やりましたが、ここに示すのは64.fastq ファイルのみということで。

使ったツールは、FastQC と、PRINSEQ　です。
両方とも同じようなツールです。
FastQCはPCの上で動くのに対し、PRINSEQはクラウド上で動くのが違いです。
ちなみにPRINSEQは、Internet Explore 9 ではまだうまく動かないみたいです。
FireFox、Google ChromeではOKでした。

FastQCの方が有名？

PRINSEQもいいですよ。
左下のUpload Fileをクリックして、ファイルを指定して、Upします。
でも難点は1つずつしかファイルをUPできないこと。　

ではここから、

1. リード長のばらつき
2. リードにおけるクオリティの変化
3. GCコンテンツ

 に絞って、結果を見ていきましょう。　2つのツールの結果画面を交互に示します。

リード長のばらつき　(Length Distribution)
FastQC

PRINSEQ

108塩基長のリードが最も多いようです。
ばらつき具合はグラフから一目了然ですね。

リードのクオリティ　(Read Quality Distribution)
FastQC

PRINSEQ

多くのシーケンサーデータ同様、Readの最初はクオリティが高いですね。　
後ろの方に行くに従ってだんだんと低くなり、90塩基付近では10を切ってしまいます。

GC含量　(GC Content Distribution)
FastQC

PRINSEQ

確かE.coliのゲノムはGCリッチで50%位だったと思います。まちがってたらすみません。

このデータもリードのCG含量が平均50%ですので、まあ、想定内でしょう。

FastQCとPRINSEQを例に、リードのクオリティチェックをしました。

本当はもっとメニューがあります。

FastQCはWindowsでも動きます。

PRINSEQはインターネットにデータを送り、結果はWebブラウザで閲覧します。

とっても簡単なので、是非一度、自身でお試しください。