CLC-BioのGenomics Workbenchは確かに、良くできたソフトです。
NGS解析ひと通りのことはできる。
マルチプルアライメントやBLASTなど、普通の配列解析もできる。
プラグインを使えば(有償、無償いろいろある)、解析の幅も広がる。
サポートをやっていたので贔屓にしていましたが、お客さんから言われた欠点らしきものといえば、価格が高いこと。
確かアカデミックで、70万円以上+年間アップデート費
限られた研究費で、実験にお金をかけるのはともかく、ソフトウェアにはできればあまりお金をかけたく無い、というのも良く耳にしました。
だから無料トライアル期間を利用して解析を一気にやってしまおう!という考えの方もいらっしゃった。
その気持ち、わかります。
でも、もっと安いソフトがあれば、使用制限無しに使い倒せば良い。
CLC-Bio社の創設者がかつてオックスフォード大学に在籍していたとき、同じ大学のもうひとりの研究者も、配列解析のソフト会社を作りたいと考えていました。
そして、ひとりはデンマークでCLC-Bio社を立ち上げ、もうひとりはニュージーランドでBiomatters社を作った。
お互い、配列解析ソフトウェア専門の会社。
コンセプトは若干違うものの、ふたりとも、「バイオインフォマティシャンではないウェット研究者でも使えるソフトウェア」を、世界中に普及させた。
日本でCLC(現キアゲン)の方が知名度が高かったのは、いち早く代理店制を取り入れたから。私も結構あちこちで宣伝しました。ええ。
Biomattersは遅れながらも昨年ようやく、トミーデジタルバイオロジー(株)と代理店契約を結んだ。
ということで私のPCには現在、BiomattersのNGSソフトウェア「Geneious」が入っています。
正直、使いやすさは良いです。
一般的な配列解析(NGS以外)は一通り揃っています。
NGS関連だと、アセンブリ、マッピング、変異解析、16S解析(パイチャート作成まで)、などなどはOKです。
ChIP-Seqはできない。
GUIはまあまあ。すごくかっこ良いというわけでは無いけれど、ダサくも無いかな。
一番の売りは、低価格ということと、無料のプラグインが多いこと。
低価格というのは、他のソフトと比べて、という条件付き。
ざっくり、Genomics Workbenchの半額以下です。
あとは、3月25日まで、2本買うと1本無料で付いてくるキャンペーンやってます(アカデミック価格で税抜き)。
ソフトウェア3本買って30万円未満!
ということは1本10万円!
ね、安いでしょ。これならもう、トライアル期間で解析しちゃえ!なんて思わないでしょ?(笑)
もちろん、トライアル期間も無くは無いです。
2年目からは、アップデートフィーがかかります。
さらに、もしあなたが学生さんなら、1本、78,840円で買うこともできます!
安いでしょ? 詳しくはこちら下のほうをチェック。
安くても、機能はかなり充実しているソフトウェアです。それは保証します。
世界のシェアも実は1位かもしれない。ですよ。
こちらのイベント、「第二回PacBio現場の会」もよろしく。
Geneiousの質問もあればこのときにどうぞ
確かに、geneous はCLC workbenchとは違ってコンティグのアセンブルとかロングリードの扱いが素晴らしいです。でも、キャンペーンでなくても、直接購入すれば(http://www.geneious.com/buy)、アカデミックで1本$795, 学生なら$395 なんですよね。仲介マージンを取りすぎる気がするのは私だけ?
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