NGS解析有償ソフト： 買う価値はあるか (中編)

Avadis NGSというソフトは、Strand Life Sciences社（http://www.strandls.com/Home）というインドのBio-IT企業が開発元です。
Avadisという名前は、もともとマイクロアレイの解析ソフトを作っていたAvadis社という会社名です。
日本ではAgilent社がAvadis NGSを販売していますが、3社の関係はここではさておき・・・。

このソフトは、RNA-Seq、ChIP-Seq、SNV-InDel Variation、という3つのアプリケーションに絞っています。
この3つはたいていどの有償ソフトでも備わっている機能です。
http://www.avadis-ngs.com/features/introduction
先日Webセミナーをやっていたので参加しました。　（日本時間の深夜0時でしたが）
差別化は、やはり、データの見せ方と3次解析以降の機能だと実感しました。

以下の画像はその時のWebセミナーのスクリーンショットです。

Agilent社から出されているマイクロアレイ解析ソフトのGene Springを使った経験がある方なら、なんとなく似ている、と感じるのではないでしょうか？
ということは、RNA-Seqなどの発現解析に向いているのでは？と思ってしまいますが、まだ実データで試していないので何とも言えません。
Alternative Splicingなども検出して表示できるそうなので、今度試しに使ってみたいです。

このソフトのもうひとつの特徴は、マッピングまでは他でやってくれ！という心意気でしょうか。
インポートファイルは、SAM、BAM、BED、Eland出力、です。
確かにマッピングは単純作業。　シーケンサー付属のソフトが勝手に（というか自動で）やってくれますので、その結果を取り込んで3次解析を行い、その後の比較や統計計算、アノテーション付加などを行ってレポートにする機能を充実させる、というのは良い戦略です。　

ウェブセミナーでやっていた例を紹介します。SNP‐Detectionです（予定ではRNA-SeqだったのですがなぜかSNPに変わっていました。残念）。
1．マッピングファイルをインポートする
2．リードのQCでフィルタリングする
3．SNPを見つける
4．結果をテーブルとゲノムビュー上に表示する
5．複数サンプル間のSNPを比較する　（癌とノーマル、N＝3）
6．DB SNPにあるかないか、見つかったSNPの種類を分ける

ちょっとインパクトの無い例ですみません。
私の仕事の都合上、これ以上詳しくは書けませんので、もっと知りたい方は、デモプログラムを試すか、Agilent社が行っているセミナーに参加されると良いでしょう。

実は私の勤め先であるワールドフュージョン社では、これとは多分競合になるCLC-Bio社のGenomics Workbench/Server、を紹介しています。　過去に何度かこのブログでも書いてきました。　

CLCは、トータルソリューションと銘打ち、何でも来い！のスタンスで開発している、というと語弊がありますが、Avadis NGSより、解析メニューは豊富です。　
de novo Assembly、Hybrid Mapping、RNA-Seq、ChIP-Seq、SNP-InDel、Target Re-Sequencing、（Methylationはありませんが）、関連解析ツールとしてBLAST、ORF検索、発現比較/統計、などなどなど。
とはいっても、実際使ってみると、もう少しここから進めたら良いのに！　なぜこれができない！　と思いたくなる場面も多々あります。　←　どんなソフトでもそうですが　
しかしCLCの良い所は、頻繁にアップデートをしていますので、リクエストを投げれば改善される可能性があること、でしょうか。
あまりこれ以上書くとCLC贔屓になり中立性が無くなりますので、詳しくはこちら（http://www.w-fusion.com/J/CLC_wb.html）にお問い合わせください。

ところで、以前少し紹介した有償ソフト、Pipeline Pilot NGS Collection を試用してしばらく経ちました。

→　後編へ続く