BOWTIE マッピングツール の使い方 １

次世代シーケンサーのデータ解析は、発現解析、メチレーション解析、変異解析、などなどたくさんある。　
良く言われる、１次解析、２次解析、３次解析という定義は、以下の通りだ。
１次解析：　ベースコールなどのリード自体のクオリティチェック。　シーケンサーに付属するソフトが自動的にやってくれることが多い。　デフォルトでOK
２次解析：　リード配列の、参照配列に対してのマッピング。　参照配列は例えばゲノム配列。
３次解析：　マッピングされた情報を元に行う、発現量推定や、メチル化部位の特定、SNPのDetectionなどの解析。
ちなみにデノボアセンブリは参照配列が無いので、１次解析以降のリード配列を使ってアセンブルする。

さて、では、デノボアセンブリ以外の場合、リード配列ファイルを手にしたら先ず行うべきはマッピングだ。　マッピングソフトはここhttp://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=43にリストされているように、たくさんある。
有名なフリーのソフトでは、MAQ、Bowtie、BWA、ELAND
ELANDはイルミナシーケンサーのソフトに付属されている。　
Bowtieはカラースペースの配列もヌクレオチド配列も、ペアエンドもマッピングできて、とにかく速い。
MAQはSNP/DIPの検出に優れているらしい。
BWAも引用文献が多いのでそれなりに評価が高い。

結果を比べてみたことは無いけど、僕はBowtieに今はまっているので、今日はそれについて書く。　ちなみに、Bowtieはボウタイと発音する。

Bowtieの文献はここ　http://genomebiology.com/2009/10/3/R25　
ウェブサイトはここ　http://bowtie-bio.sourceforge.net/tutorial.shtml

先ずはプログラムをダウンロード

Latest Release　で問題ないと思う。

僕は64Bit Linuxのサーバーに入れたので、Linux用のバイナリ（上から4つ目）を落としてきた。

インストールは特に問題なく終わると思う。　

Windows版でもインストールは問題なかった。　（僕が64bit Linux に入れた理由は、Human Genomeなどの大きなサイズのデータを扱うからである。　Windowsではどれくらいのサイズのファイルがマッピングできるか、今度試してみる）

さて、インストールができた。
Bowtieのディレクトリには、bowtie プログラムとともに、index フォルダ、genome フォルダ、などがあると思う。
ここで mkdir work などでワークディレクトリを作っておいて、その中にマッピング結果を入れるようにすると便利だ。

Bowtieがちゃんと動くかどうか、先ずチェックをしよう。

bowtie e_coli reads/e_coli_1000.fq

これをコピペしてエンターすると、ずらずらっとリードファイルが表示される　これでOK

bowtie -t e_coli reads/e_coli_1000.fq e_coli.map

これの結果は、こんな感じ

ここに書いてあるのと同じ　http://bowtie-bio.sourceforge.net/tutorial.shtml　

さて次は、いよいよBowtieを使ってマッピングする。　手順は、

１．ゲノム配列をもとにインデックスファイルを作る
２．インデックスファイルに対してマッピングをする
３．SAMファイルができるので、これを編集する

になる。　…　BOWTIE マッピングツール　の使い方　２へつづく