ExomeとSNVについてのメモ２

Exomeというのは、ゲノム配列からExon、つまり転写領域のみに注目して、その部分の配列のみをシーケンスする方法です。
ゲノム全体を読むよりも、はるかに効率的に、遺伝子領域を高いカバレージで読むことができます。

ゲノムから興味のある配列のみを選択的にセレクトする技術を、ターゲットキャプチャーと呼びますが、いくつかのメーカーからキットが販売されています。
イルミナ社のTrueSeq、ライフテック社のTargetSeq、ロッシュ社のSeqCap、アジレント社のSureSelectがあります。
ここまでは前にも書きました。

では、初めてのひとは、どのキットを使ったら良いのでしょう？
選択にあたっての基準はあるのでしょうか？

当然ながら、アジレント社を除く3社は、自分たちのシーケンサーにもっとも適したプロトコールを用意してキットを設計しているはずです。
しかし、メーカーに問い合わせてみると、「他社のシーケンサー用にも使えますよ」、という答えが返ってきます。　（「でも保証はしませんが」、と念を押されるかもしれませんけど）
考えてみればキャプチャーは、シーケンサーにかけるずっと前の作業なので、キャプチャーに使用した試薬等がきちんとWash outされれば、ライブラリー作成などに問題はおこさないはずです。

問題は、どれだけキャプチャーの効率と、キャプチャーに用いるプローブの設計、何塩基の間隔でプローブが設計されているか、アレイと使うか液体中のビーズを使うか、などによる違いが大きいでしょう。

これらを比較した論文があります。　

Performance comparison of exome DNA sequencing technologies.
Nat Biotechnol. 2011 Sep 25;29(10):908-14.　PMID：21947028

時間が無いのでサマリーだけ読みたい方はこちら
ヒトのExonキャプチャーキットの比較です。
これによると、プローブの設計にだいぶ特徴があるみたいです。

プローブ長もさることながら、設計場所の「くせ」もあるようです。

Nimblegenはもっとも多くのExon領域を、micro RNA を含め、たくさんカバーしているそうです。　
AgilentはExonバリアントの検出に強いそうです。　
Illuminaは、UTRの配列もキャプチャーできるそうです。　
また、Illuminaはリードデータをもっとも多く必要とするそうです。　最新のHiSeq2000やSOLiD5500ならリードは膨大に出力されるので問題なさそうですが、バーコードを付けて多くのサンプルを読むときは注意が必要ですね。

あくまでヒトExonキャプチャーの比較ですが、バリアントもキャプチャーしたいならAgilent、UTRに注目したいならIllumina、micro RNA も含めてもっとも高いカバレージでキャプチャーしたいならNimblegen、と言えるでしょうか。　かなり大雑把ですが。

私はキャプチャーキットに関しては詳しく知りませんでした。　違いは実験の差くらいに考えていました。
ですが、そのような私にもわかるように、キットの特徴を第三者の目で比較してくれる、こういう論文はうれしいです。

P.S.　SNP検出に関するキャプチャーキットの差はあまり無いそうですが、検出されるSNPの差はマッピングやSNP検出ツールのパラメータによるものが大きいと思います。