2011年の総括

2011年の総括


私は今まで、この「ショートリードの憂鬱」というブログで、次世代シーケンサーの技術と解析を中心に書いてきました。
仕事でNGSのデータを扱っていましたが、このブログは会社の業務とは全く別に、個人でやっています。
だから自分の所属する会社名は出していないはず（リンクを貼ったことはあったけど）です。


そもそも次世代シーケンサーなるものを最初に知ったのは、2007年の分子生物学会でした。　
確かABI社のSOLiDのプレゼンだったと記憶しています。
「これは来るぞ！」って直感し、翌2008年から、メーカーさん主催のセミナーやWebセミナーにはできる限り参加して、情報収集をしていました。
でもまだその頃は、データ量の多さと、将来の可能性ばかりが強調されて、解析はこれから、という感じでした。少なくとも日本では。

2009年、NGS関連の論文がたくさん出てくるようになり、時間が許す限り、目を通すようにしました。　
シーケンサーといっても、配列解析だけでなく、発現やメチレーションなど、汎用性が高いのが特徴なので、はっきり言って私の知らない分野が多く、勉強するのが大変です。
この頃からフリーツールを調査し始めるようになります（まだ趣味の範囲で）。

2010年、仕事でNGSのデータを扱うようになって、いよいよ本格的に、世に出ているフリーツールを試し始めました。　
また同時に、会社で導入したCLC-Bio社のソフトを触るうちに、他の商用ソフトとの比較もしたくなり、いくつかトライアルしました。

そんな経験やそこで得た情報を何とか残しておきたい、ほかのひととシェアしたい、と始めたのがこのブログです。
開設から1年半経ち、このブログがきっかけで、出会えたひともたくさんいます。
本当に良かったと思います。


本日12月29日は、会社の仕事納め、と同時に私の最後の出勤日でした。


来年1月からは、Pacific Biosciences社の日本代理店で働きます！
PacBioについては前から何回か書いてきましたね。　噂の一分子のシーケンサーです。

そこで、

PacBioのことは別ブログで書くことにしました。　もうショートリードじゃないし・・・
その名も、
「パックマンの挑戦」

PacBioにとっても、私にとっても、2012年は挑戦です。
日本で一番詳しいPacBioのブログ、を目指します！

とにかく、PacBioのシーケンサーは、賛否両論、いろいろ言われていますね。
それだけ注目度が高いということでしょう。
新しい技術は、批判に聞く耳を持って、改善されて、世に広がっていくものです。
私は、今度はPacBio擁護派に属する訳ですが、そのブログでは、正確な情報を発信することに気をつけます。
つまり、批判が正しければそのように、間違っていればその点を明らかにしようと思います。
また、PacBioに興味がある方全てに向けて、公共のPacBioデータとネット上の情報の、解説っぽいことも書こうと思います。
それから、PacBioのデータ解析も、いち早く書こうと思います。
と、まあ、来年に向けての抱負っぽいことを言いましたが、どれだけ実現できるか・・・

「ショートリードの憂鬱」も、できる限り、続けていくつもりです。　
主に公共にある情報（論文やネット上）が中心になるかと思いますが。
やはりロングリード（特に一分子）をやる以上は、ライバルのショートリードを知ることが欠かせないですから。

来年もどうぞ宜しくお願いします。
良いお年を！！