「組織上の位置情報を保存したRNA-Seq」のウェビナーのお知らせ 11月19日

これはNGS、それもショートリードのRNA-Seqアプリケーションだからお知らせしますね。

NGS現場の会、シングルセルゲノミクス研究会、のメーリスでも流れましたが、11月19日（火）の午後2時からVisium Spatial Transcriptomicsの日本語ウェビナーを行います。登録サイトはこちらから

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で、そもそもVisium って何？　ってかたがいると思いますが、これは in situ hybridization とRNA-Seqの両方を合体させたようなイメージです。

1. 組織の凍結切片を用意する（組織により異なるがおよそ10μmの厚さ）
2. 切片を特殊なスライドガラスの上に載せる
3. H&E染色する
4. Permebilization処理をして組織に穴を空け、mRNAをガラスの上に落とす
5. ガラス上に敷き詰められているオリゴのポリdT配列でmRNAを捉える
6. ガラス上でmRNAを逆転写し、cDNAを作る
7. cDNAを回収、増幅し、NGSライブラリを作る
8. NGSシーケンスをする
9. データ解析

ここで肝となるのはガラス上のキャプチャーオリゴ。これにはガラス上に（キャプチャーエリアという１辺６.５mmの正方形の中に）敷き詰められている約５０００のスポットには、それぞれ住所IDが付いていて、そのIDごとに異なるバーコード配列がオリゴに含まれている。

cDNAを作る時に同時にそのバーコード配列も取り込まれ、NGSで読まれます。

1. 遺伝子（mRNA、cDNA）の部分的な配列（３’側）、と
2. スポットごとに異なるIDのバーコード配列

の両方を同時に取得します。（ペアエンドで読むので）

１で遺伝子の発現がわかり、２でその遺伝子がどのスポットから得られたのか、がわかる

つまり、どの遺伝子がどのくらい、組織のどこで発現していたのか、が同時にわかる。

カタログはこちらから落とせます

で、そのウェビナーが火曜にあるんですね。

日本語でやるので多くの人に聞いてもらいたい。時間の都合がつかない方はレジストだけでもしてもらえれば後でビデオなり資料なりのお知らせが行くと思います。

まさに、次世代の発現解析、ですよ。そしてこれは来年、もっともっとメジャーになることは間違いありません。

ちなみに、これのソフトウェアについてのウェビナーも21日の12時から（これは英語ですが）行われます。こっちはまず19日のウェビナーの内容を知っているのが前提で進められますので、両方の参加をオススメします。

10x Genomics のユーザーグループミーティングのお知らせ ６月28日

今日はせっかくなんでこっちのブログでも宣伝、10x Genomics ユーザーグループミーティング（東京）のお知らせです！

これ、昨年は10月に行いました。今年は早くも6月28日に東京で行います。
今年は、午前中はサンプル調整・データ解析ワークショップ、午後はお客様の発表、というようにしました。
午前中のワークショップは、基本プレゼンベースです。10xのユーザーを想定しています。10xの前提知識が無いと聞いていてもわからないだろう、と思うからです。

午後のセッションは一般の方（シングルセルに興味のある方）を対象にした、いわゆるユーザーミーティングです。もちろんユーザー以外の方でもウェルカムです。みなさんどんな研究に10xのChromiumを使っているか、興味ありますよね。

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Garvan Institute of Medical Research, Laboratory Head, Dr. Alex Swarbrick 
Landscape of the Breast Cancer Microenvironment at Single-Cell Resolution

熊本大学ヒトレトロウイルス学共同研究センター, 佐藤 賢文 先生　
HTLV-1感染病態解明へ向けた感染者血液のシングルセルトランスクリプトーム解析

富山大学医学部整形外科/Duke University Orthopaedic Surgery, 箭原 康人 先生
scRNA-seqを用いたRNA velocity解析；胎児卵黄嚢 erythro-myeloid progenitor由来破骨細胞は造血幹細胞非依存的に生ずる

東京大学大学院新領域創成科学研究科，鈴木 絢子先生
scATAC-seq/scRNA-seq解析:がん細胞のトランスクリプトーム不均一性解明に向けて
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ご覧の通り、がんの微小環境、免疫、遺伝子発現、ATAC-Seqなどテーマが多彩に渡ります。また、10xからは、製品アップデート、Spatial、データビューワーの話、さらに当日データ解析ヘルプデスクも設ける予定です。

あと、今回初の試みとして、ライトニングトークセッションを行います。
これは一人5分の発表です。最大６名まで募集します。参加者枠はまだ少しあるので何か発表したい、共同研究者を探したい、という人は是非どうぞ。

ユーザー会が終わった後は情報交換会（という名の懇親会）がありますので是非どうぞ。すべて無料です。何かプレゼント的な、何かがあるかも。

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