2016年7月、NGSマシンの比較

私がお勧めするNGS関係のブログに、今年2016年7月版の、NGS比較が載っていました。
全文はこちら

おそらく皆さんも、いろんなNGS関係のスライドでこのようなグラフを見たことがあるでしょう。

横軸がリード長、縦軸がランあたりデータスループットのグラフです。
私も個人で作ったことがあります。

さて、このブログでは、PacBioのSequelについて抜けています。

その通り、Sequelについてのデータはまだ「公開」されていません。
データはあります。
2kbラムダ、6kb、10kb、15kbライブラリの大腸菌、
データはあります。
お見せすることは全くかまわないのですが、ウェブにアップはまだ許されていないので、残念ながらオフィシャルに公開できないのです。
何事にも順序があるのでしょうね

PacBio社の予定では、まもなくSequelのデータが「公開」されます。
それは大腸菌のデータになると思います。
シークエンス配列なのに、BAMファイルです。

ま、お楽しみに。

NGS10年の軌跡 NGSの初心者向けに最適なレビューの紹介

このブログ、ショートリードの憂鬱で、初期の頃に、NGSテクノロジーについて紹介しました。
日本にNGSが入っていたのはいつ頃でしょう？
正確には覚えていないですが、2008年ごろでしょうか？
その頃の分生で、SolexaやSOLiDの説明を聞いた気がします。
すごい時代が来るなあ、って思った記憶が。
シークエンスのそれまでの概念が、がらっと変わりましたね。
だって、たった数十塩基（当時）でシークエンスと呼んでいたんですから！！
それより前から454があったって？　それはひとまずおいといて。

しかし、それから数年後、ショートリードの長さは100bp～200bp余りに伸び、PacBioのロングリードが現れ、データ量はムーアの法則を超え、ラボ単位でも買える小型マシンも現れ、買収されたり、ディスコンされたり、マーケットは大きく変化しました。

そこで、2016年、NGSとNGS関連技術の紹介レビューがでました。

ここでは、既にディスコンになってしまった技術も、また、これから日本に来るであろう（アメリカではリリースしている）マシンも、シークエンサーでは無いけれどNGS関連機器も、合わせて紹介されている。

Must Readレビューです！！