その中で余興として、例の超高速NGSサーバ「DRAGEN」のデモをやるはずでした・・・。
まあ、いろいろあって、23日には間に合わなくて、うちの同僚Dにはプレゼンで乗り切ってもらいましたが。
そんな中、ついに、先週我がオフィスに到着したDRAGEN君。
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| オフィスについて早速ケースを脱がされ、裸のハードを横から見られているDragen君。かわいそうなので写真は前から |
同僚Dは早速セットアップ、ヒトゲノムリファレンスを入れて、ハッシュテーブルを作って、HiSeq2000のサンプルデータを流してくれた。
20Xの全ゲノムシークエンスデータ。
パイプラインは、
- fastqのgzを入力データに
- リファレンスマッピング
- Bamファイルを書き出して
- Variant Callingして
- VCFを出力
という至ってベーシックなもの
で、速さなんですが、
笑ってしまうくらい速い！
Time loading reference: 00:00:00.000
Time aligning reads: 00:07:06.006
Time sorting and marking duplicates: 00:09:37.107Time saving map/align output: 00:09:43.040
Time partial reconfiguration: 00:00:06.019
Time variant calling: 00:09:51.977
Total runtime: 00:17:13.450
20カバレッジヒトゲノムのマッピングからSNPコールまでが17分？
もう一度、今度は私が別のデータ（同じく約20X）でトライTime loading reference: 00:00:20.827
Time aligning reads: 00:06:59.932
Time sorting and marking duplicates: 00:09:01.473
Time saving map/align output: 00:09:06.573
Time partial reconfiguration: 00:00:05.873
Time variant calling: 00:09:17.615
Total runtime: 00:16:59.875
えっ、17分？速っ！
20Xの全ゲノムマッピングですよ！
何でこんなに速いのかは、FPGA使ってます、以外に正直説明できないのですが、とにかく速いのは確かです。
コマンドラインなんで、デモをやったとしても、はっきり言って、地味です。
ターミナル眺めているだけになるので、これなら「現場の会」で見せるとしても工夫が必要だったなーと、いまさらながら思います。
今日は、「とりあえず動かしてみたら、やっぱり速かった」という報告です。
本当はもっと大きなデータ、それもBCLから試すべきでしたけれども、手元にBCLが無かったので断念。
BCL→fastq変換も、確か10分程度で終わるはずです。
これもすごい速いですよね！！
まあ今回は、fastq.gzからの入力でも十分速いことが実感できたのでこれで良しとします。
次回は、BCLからの変換速度、いくつか解析メニューの紹介、になるかな。
というわけで皆さん、DRAGENに興味があるならば、もう日本でトライアル可能です！
一番簡単なのは、ハードディスクでHiSeqのデータを送ってもらうことでしょうか。
オフィスに到着したら、DRAGENサーバにコピーして、解析します。
（もしお客さんが解析の様子を実感したければ、ウェブミーティングなどで生中継することも可能かな？）
そして結果とログファイルを全部お返しする。という流れ。
興味がある方は、こちらからカタログ請求の下の備考欄に、「DRAGENトライアルしたい！」と書いて送ればOK！
「このサーバ、いくらですか？」 という質問にも、丁寧にお答えします。
データを外に出せない！という方は、その旨書いてくれれば、サーバ本体を貸し出すことも条件付きですが可能です。
